Unsere Abteilung wurde im September 1958 mit zwei Stationen und einer Ambulanz eingeweiht.
Nach der Berufung von Prof. Walter Schmitt von Greifswald auf den chirurgischen Lehrstuhl in Rostock wurden in der Chirurgischen Klinik verschiedene Spezialabteilungen aufgebaut. Mit Übergabe der ehemaligen Privatstation und des späteren russischen Lazaretts zurück an die Klinik wurde in diesem  „Kinderhaus“ ab April 1958 eine kinderchirurgische Abteilung aufgebaut, mit einer 40 Betten umfassenden aseptischen Kinderstation und einer septischen Kinderstation mit 26 Betten sowie einer großen kinderchirurgischen Ambulanz und Nachbehandlungsabteilung. Am 26. und 27. September 1958 richtete Prof. Schmitt in Rostock ein internationales kinderchirurgisches Symposium aus, das wir als Beginn der eigenständigen Kinderchirurgie ansehen. 

Prof. Schmidt war bis 1976 Lehrstuhlinhaber. Abteilungsoberarzt war zunächst die in der Sowjetunion ausgebildete Kinderchirurgin Isa-Ruth Poppe, die bald von Dr. Egon Smolinski abgelöst wurde. 1969 übernahm Prof. Tim Müller die kinderchirurgische Oberarztstelle und wurde nach Emeretierung von Prof.Schmitt 1976 Abteilungsleiter. 1979 erfolgte die Berufung von Prof.Müller zum Dozenten für Kinderchirurgie und die Berufung auf den Lehrstuhl für Kinderchirurgie als ordentlicher Professor 1982. 

Nach Ausscheiden von Prof. Dr. Tim Müller 1993 wurde die Abteilung kommissarisch von Oberarzt Dr. Knut Löffler bis zu seinem Tod im Jahre 2000 geführt, danach von Oberarzt Dr. Lutz Baumbach bis zur Neubesetzung des Lehrstuhls mit Prof. Dr. Gerhard Stuhldreier im Jahre 2003.

Mit dem Rückgang der Kinderzahl im Einzugsbereich der Universitätsmedizin Rostock sowie der Tendenz zur Verkürzung der stationären und ambulanten Versorgung wurde unsere Bettenzahl im Laufe der Jahre deutlich reduziert, konnte jedoch in den letzten Jahren langsam wieder aufgestockt werden. Im Zuge der Neugestaltung des Campus Schillingallee wurde das "Kinderhaus" abgerissen und unsere Abteilung zog im Jahre 2009 in die neu gestaltete und modern und kindgerecht ausgerüstete Station im Gebäude der Kinder- und Jugendklinik. Unsere Patienten werden durch einen neu geschaffenen Tunnel in die Operationssäle im Perioperativen Zentrum des Klinikums verbracht.

Seit dem 01.01.2022 besetzt Prof. Dr. Stefanie Märzheuser den Lehrstuhl für Kinderchirurgie und leitet die Klinik und Poliklinik für Kinderchirurgie.